Em funcionamento desde 15 de Novembro de 1977 como unidade orgânica da Universidade Nova de Lisboa (NOVA), a Faculdade de Ciências Médicas (FCM) assenta num modelo diferente das outras faculdades de medicina portuguesas: possui uma sede independente, onde se situam grande parte das unidades de ensino e de investigação responsáveis pelos três primeiros anos de licenciatura, as estruturas de apoio ao ensino pós-graduado e continuado, a biblioteca/centro de documentação, a cantina e as repartições administrativas.
Faz também parte do Edifício Sede uma zona nobre com várias obras de arte (pinturas, azulejos e esculturas), que são um património não só artístico, mas de grande valor histórico para a Medicina Portuguesa.
O ensino clínico decorre em várias instituições de saúde articuladas com a faculdade, através de protocolos sancionados pelo Ministério da Saúde e pelo Ministério da Ciência, Tecnologia e Ensino Superior:

• Centro Hospitalar de Lisboa Zona Central, que engloba os Hospitais de S. José, St.º António dos Capuchos, de Dona Estefânia e St.ª Marta);
• Hospital de Curry Cabral;
• Centro Hospitalar de Lisboa Zona Ocidental, que engloba os Hospitais de Egas Moniz EPE, S. Francisco Xavier EPE e St.ª Cruz EPE;
• Hospital de Pulido Valente EPE;
• Instituto Português de Oncologia (Centro Regional de Oncologia de Lisboa SA);
• Maternidade Alfredo da Costa;
• Hospital Militar Principal;
• Administração Regional de Saúde de Lisboa e Vale do Tejo;
• Administração Regional de Saúde do Alentejo.

Existem ainda protocolos de articulação com as seguintes Instituições:

• Academia Militar;
• Fundação de Nossa Senhora do Bom Sucesso;
• Instituto Nacional de Emergência Médica.
  

Este modelo tem facultado aos alunos da FCM uma formação científica adequada e uma preparação clínica diversificada e satisfatória, a julgar pelos resultados do exame de acesso às especialidades, realizado pelo Ministério da Saúde, onde têm conseguido bons resultados a nível nacional. Do mesmo modo, na última avaliação internacional efectuada à Faculdade de Ciências Médicas, reconhece-se o trabalho desenvolvido: There are effective procedures for evaluation of the teachers and the taught and the collective attitude to these processes is impressive and admirable. We consider thar the facilities applied for are reasonable and that their provision is both desirable and necessary. This clear-thinking Faculty should be strongly supported" (in Relatório da Comissão Cientifica Internacional de Avaliação do Grupo de Missão para a Saúde).