Genómica e Evolução Molecular
Código
10717
Unidade Orgânica
Faculdade de Ciências e Tecnologia
Departamento
Departamento de Ciências da Vida
Créditos
3.0
Professor responsável
José Paulo Nunes de Sousa Sampaio
Horas semanais
4
Total de horas
32
Língua de ensino
Português
Objectivos
Compreender os mecanismos básicos da evolução molecular. Conhecer os aspectos essenciais relacionados com o arquivo e obtenção, em bases de dados públicas, de sequências nucleotídicas. Conhecer os fundamentos das novas tecnologias de sequenciação de genomas e as etapas básicas de montagem e análise de dados de genomas completos sob diferentes perspectivas - genómica populacional, genómica comparativa e genómica funcional.
Pré-requisitos
Conhecimentos básicos de Genética Molecular e de Evolução.
Dado esta UC fazer parte do elenco de UCs do Bloco Livre FCT alunos sem aqueles conhecimentos básicos são aceites no entendimento de que o estudo em autonomia da bibliografia de base indicada é realizado ANTES de cada aula (especialmente antes das Aula 1 e 2).
Conteúdo
Programa resumido
- A evolução biológica – definições e mecanismos. A teoria neutral de evolução molecular.
- Alteração das frequências alélicas em função do tempo. Modelos de substituições nucleotídicas. Análise de polimorfismos de DNA. Teoria coalescente
- Evolução à escala molecular: adaptação e “balancing slection” e relógios moleculares.
- Organização e evolução de genomas. Duplicações de genes e de genomas. Conceitos gerais e duplicação do genoma da levedura Saccharomyces cerevisiae.
- Genómica comparativa e funcional. As diversas tecnologias de sequenciação de segunda geração. Identificação e descoberta de genes, de sequências regulatórias e de relações fenótipo/genótipo através da comparação de genomas. Identificação de eventos de transferência horizontal de genes (HGT).
Bibliografia
Bibliografia Aula 1 - Genética molecular - Recapitulação de conceitos fundamentais
Grilo LT, Videira A, 2001. Do DNA à Proteína. pp 15- 29. In Engenharia Genética, Princípios e Aplicações, 2001. Lidel.
Capítulo: Essentials of Molecular Biology. pp 175- 206. In Brook Biology of Microorganisms 12th ed.2009.
Bibliografia Aula 2 - Evolução biológica e evolução molecular
Capítulo: Vandamme, AM. 2009. Basic concepts of molecular evolution. In “The Phylogenetic Handbook”, Cambridge Univ Press
Método de ensino
As aulas teóricas clássicas de tipo expositivo são em número reduzido O estudo em autonomia é fortemente encorajado e determinante para a aprovação. A bibliografia (capítulos de livros ou artigos) é indicada antecipadamente e tem de ser consultada, estudada e assimilada antes das sessões presenciais com o docente. Privilegiam-se as sessões de discussão após o estudo em autonomia sendo a participação activa dos alunos monitorizada e avaliada. Nas sessões teórico-práticas são discutidos e resolvidos exercícios de aplicação dos conceitos abordados anteriormente. Dependendo do numero de alunos e da disponibilidade de meios serão realizadas sessões “hands-on” com computador.
Método de avaliação
A obtenção de frequência à Unidade Curricular é condição necessária para obter aprovação, ou seja, o número de faltas às aulas teórico-práticas não pode exceder 1/3 do número total de aulas teórico-práticas. Obter Frequência A avaliação consiste na realização de dois mini-testes na 4ª e 7ª semanas de aulas. Cada mini-teste é realizado individualmente e sem consulta e tem a duração de 45 min. Não é estabelecida nota mínima para os mini-testes. O segundo mini-teste incide preferencialmente sobre a matéria leccionada na segunda parte da UC. A nota final corresponde à média aritmética dos mini-testes. Para aprovação a nota mínima é 10. A frequência às aulas é fortemente encorajada e obrigatória no caso das aulas teórico-práticas.