O Professor Manuel Vilares é Professor Catedrático Jubilado da escola que fundou em 1989, e da qual foi o primeiro Diretor (1990-1997).
Foi presidente da Comissão de Reestruturação do Sistema Estatístico Nacional e Presidente do Conselho de Direção do Instituto Nacional de Estatística.
Até muito recentemente foi Consultor Sénior do Conselho de Administração do Banco de Portugal, tendo sido também Conselheiro Sénior da Comissão Europeia para assuntos estatísticos e económicos no TACIS, programa que pretende favorecer a transição para uma economia de mercado e reforçar a democracia e o Estado de Direito nos Estados parceiros da Europa Oriental e da Ásia Central.
Ao longo dos anos, tem sido, também, coordenador de investigação de vários projetos, sendo o último deles o projeto desenvolvido por um consórcio europeu: “Measuring the Cultural and Creative Sectors in the EU”.