O Professor António Marques foi, ao longo de vários anos, Presidente do Conselho Científico, cargo que exerceu de uma forma que foi transformadora para a Faculdade de Ciências Sociais e Humanas.
Foi um dos fundadores e, durante mais de 20 anos, o Diretor do Instituto de Filosofia da NOVA, uma unidade de investigação que, desde a sua fundação, em 1993, inicialmente com o nome Instituto de Filosofia da Linguagem, foi sempre classificada como excelente pela Fundação para a Ciência e Tecnologia.
A sua tese de doutoramento – “Organismo e Sistema em Kant”, 1987 – afirmou-o como especialista em Immanuel Kant, um dos principais pensadores do Iluminismo, estatuto que cedo ganhou, e nunca perdeu um carácter não apenas nacional, mas também internacional.
Notabilizou-se também pela sua tradução, conjuntamente com o Valério Rohden, da “Crítica da faculdade do juízo”, também de Kant, e pela organização, em língua portuguesa, da edição das obras de Friedrich Nietzsche.
O seu pensamento sobre o perspetivismo de Nietzsche, e, mais recentemente, sobre a filosofia política de Hannah Arendt é de inestimável valor científico.