A avaliação institucional da NOVA processa-se de acordo com os critérios definidos por entidades externas avaliadoras.
Agência de Avaliação e Acreditação do Ensino Superior (A3ES)
A NOVA integrou o exercício de Avaliação Institucional, em 2017, encontrando-se atualmente acreditada por 6 anos.
European University Association (EUA)
A NOVA foi objeto de uma avaliação institucional pela European University Association (EUA) em 2009.